男性性欲低下的病因很复杂，所有严重的全身性疾病、慢性疾病、过度疲劳，都可以降低性兴奋，导致性欲低下。但实际上这类患者性欲减退只不过是病变的早期表现，其大多数都会出现其它性功能障碍。
许多内分泌疾病，如艾迪生病、库欣综合征、高泌乳事宜素血症、垂体功能减退、甲状腺功能减退等都可引起男性性欲低下。遗传性疾病，如克氏综合征等;肝脏疾病，如慢性活动性肝炎、肝硬化等;营养代谢性疾病，如低血糖、低血钾、糖尿病、营养不良;其他如慢性肾功能衰竭、充血性心力衰竭、脑部肿瘤、脑血管疾病、慢性阻塞性肺部疾病、胶原性疾病、寄生虫感染、前列腺炎、恶性肿瘤等许多疾病都能引起男性性欲低下。
除上述器质性疾病可导致男性性欲低下外，性知识缺乏、精神情绪不佳也是导致男性性欲低下的重要原因。